Windows 10 Anniversary Updateにて確認。
IE11では以下のような操作に気を付ける。

スタートメニューやエクスプローラーが不安定に
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IE11のアドレスバーから、「ファビコンまたはURL」をドラッグ&ドロップしてエクスプローラー(またはデスクトップ)上にブックマークを作成すると、スタートメニューやエクスプローラーが不安定になりやすい。

つまり、こんな状況になってしまう。
スタートメニューやタスクバーは反応しない。
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上図はいちばん酷い例。壁紙が表示されている状態や、ブラウザやエクスプローラー以外のアプリは普通に作動しているケースもある。

この時に発生するおもな症状

回復方法 (思いつかない)

とりあえず数分待ってみる。
スタートメニューやデスクトップだけでなく、タスクマネージャーも「応答なし」になるため、何もできない。

なので、数分待っても回復しない場合は

この2択しか思いつかない。

予防方法

IE11でショートカットを作成する「正しい操作手順」は以下
IE11でショートカットを作成する正しい操作方法
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Webページ上の何もない所で「右クリック」して、「ショートカットの作成」を選ぶ。「お気に入り」を使わずにリンクをPCに保存したい場合はこの手順を守ろう。

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補足メモ

  • デスクトップやスタートメニューが無反応になる現象は「最悪の場合Windows10の上書きインストールが必要になる」というケースもある。
  • この操作 (ドラッグして ブックマーク作成)はもう行わない方が良いかもしれない。

その他のメモ

Windows10のスタートメニューはUWPアプリ (ユニバーサル Windows プラットフォームアプリ) でできている。

自分用参考リンク

その他

そういえば半年くらい前のWindows Updateで何か変更されたよなあ・・・・と思い出し、すこし調べてみた。 

  • ちょっと記憶違いだった。変更は以下。
  • 更新プログラムをインストールしてから、インターネットショートカットを開こうとすると「ファイルのダウンロード - - マイクロソフト コミュニティ

    2016 年 9 月の更新プログラム MS16-104 を適用後の環境でお気に入りに含まれる .url のショートカットを Windows Explorer から開いた場合にセキュリティの警告ダイアログが表示されるという動作となっておりました。

    上記はセキュリティの目的での変更に伴う動作でしたが、お客様からのフィードバックを鑑み動作の見直しが行われており

    お気に入りの .url のショートカットを Windows Explorer で利用しても警告が表示されないようKB3199375 として修正が行われました。

  • 「Windows7のIE11でショートカットを使うと警告が出るようになる」という変更だった。
  • 2016年9月14日の Windows Update から。10月の KB3199375 でこの挙動の一部が修正された。