TVキャプチャした動画をエンコードする際、私は動画と音声部分を別々にエンコードしているワケですが、音声部分のエンコードはここ5年ほど、Virtualdubmod経由でLameMP3を使っていました。
accやac3に浮気した時期もありましたが、やはり「avi動画にはmp3音声をくっつける」のが無難ですわ。

最近になってffmpegも覚えてきたし、少し新しい圧縮方法を模索してみようと本日色々試してみてましたが。。。。

MP3のエンコード

CPU使用率 エンコード時間 音質
VirtualDubMod + LameMP3 63% 12分47秒 ？
AviSynth + 携帯動画変換君（Ffmpeg） 72% 39分27秒 ？
*CPU使用時間は目視でだいたいの所で。音質は現在の当環境では判別不能。
2時間20分の48000Hz16bit無圧縮PCM音源をmp3 48000Hz CBR 128kbps ステレオに変換した際のCPU使用率とエンコード時間。(Athlon64X2 2.2Ghz Mem:2GB nForce4)

FFmpegでエンコした方が速くなるかな？なんて思って試したのですが、結果はLameMP3の圧勝。

ACCやAC3のエンコード

FFmpegの一人勝ち状態
BeLight、 Orban、Videora、WinAVI 3GP/MP4/PSP/iPod Converter、BeSweetv等々でエンコしてみたり音声部分の抜き出したりしてみるも、使いやすさと音質のバランス でFFmpegの一人勝ちでOKかも。
128～192Kbps程度に圧縮する場合、音質は基本的に問わないつもりなのですが、ソース音源が少しでも音割れしている場合にノイズが増幅されるエンコーダーが目立ちます。
エンコード時間を気にする以前の問題になりました。

絶対的に音質を求める場合は、ハナから可逆圧縮か無圧縮PCMを選択しますので、上記の話は無視でOK。
好きな音声編集ソフトまたはエンコーダーで可逆圧縮か無圧縮コーデック指定で保存です。