MonsterTV HDUSで録画した地デジTSファイルをそのまま保存せず、CMカットしたり、aviなど他の動画形式に変換したり、編集したりを色々試し、個人的にですが今の所一番スムーズに変換できると思われる方法を紹介します。
2009.10.18追記
私の最近の地デジファイルをCMカット⇒他形式（主にMP4）への変換手順は、以下になりました。
地デジTSファイルをCMカット⇒mp4など他形式の動画に変換：2009.10月｜ぼくんちのTV 別館
ここから下の情報はそれ以前の方法です。
2009.03.23追記
このページは私が地デジ放送をPCに録画出来るようになったばかりの頃に 試行錯誤して書いたもので、随分無駄な手順を踏んでいました。現在はかなり手抜き出来るようになり、以下の方法を取っています。
TS、PSの変換でこのページにたどり着いてしまった人は以下
１．flv･wmv･avi等ほぼ全ての動画を簡単にmp4に変換する方法
２．BonTSDemux
いずれかのページがおすすめです。
地デジTSファイルのCMカット→avi、mp4などへの変換手順（200903.23追記本文）
- 録画する
（Friio、MonsterTV HDUS、PT1、DY-UD200）生TSで録画したものが対象 - 真空波動研LiteでPID情報を取得。
慣れないうちは過去に記載した方法で調べるのも手だが、これで十分。
さらに慣れればPID情報は取得しなくても大体分かるようになる。 - 十分空きのあるHDDドライブを二つ以上持っている場合は、録画したTSファイルを別ドライブへコピーまたは移動させる
（録画直後の生TSファイルはファイル断片化が酷く、この後のCMカットや動画変換で大きな速度ダウンとなる為） - 音声の扱いがややこしいもの（ステレオ、モノラル、2ヶ国語、5.1Chなどで音声切り替わりが発生するもの）は「7.」へ
- MurdocCutterまたはHDTVtoMPEG2でCMカットを行う（ここでPID情報除去可能）
生TSファイルのまま保存する場合はここで終了。
CMカットを行うと大きく音ズレしてしまう場合があるが、その場合は「7.」へ - AutoMenなど直接変換可能なツールでエンコードする場合はこの時点で変換してOK
ただし変換後、音ズレのチェックは必ず行うこと。
音ズレしていなかったら終了(´∀｀)ノ ズレてたらこの方法は諦める('Α`) - BonTSDemuxで映像部分と音声部分を分離（DeMux）する（ここでもPID情報除去可能）
（基本Video Frame補完のチェックは外す。音ズレしたらチェックしてやりなおし） - DGIndexでAviSynthで読み込めるd2vプロジェクトファイルに変換
- VirtualDub等を使用してXvid、x264などお好みの形式に変換。
「5」で音ズレが発生していた時は、CMカットはここで行う（DeMuxした音声も一緒に編集する事）
以上です。
ここから下は2008年09月02日に記載したものです。面倒な手順が多数含まれています。記述も曖昧だったりしますが、初めてTSファイルを扱う人は、一度は下の手順を踏んでみる事をお勧めします。慣れてきたら上記の方法を試したり自分なりの方法を確立して下さい（＾_＾）
---追記終わり：以下当時の記録---
まえおき
TSデータを別の形式に変換する方法を紹介していますが、実際問題どのようなファイル形式でHDDに保存するか非常に悩んでいます。
現時点で（安い店を探すと）HDDの容量単価が1GB≒12～15円程度まで落ちており、TSファイルそのままで保存しても2時間で15GBで約200円程度。
あくせく手間をかけず、TSファイルそのままで保存の方が全然良い気がします（＾_＾;
といいつつも2時間15GBはやっぱり大きすぎる、扱いづらい。。。と思ってみたり、Xvidやh.264で2時間2～3GB程度まで変換圧縮してみると（アナログ波キャプチャより10倍キレイ、DVDと比べても遜色ないレベルなのに）ソース動画と比較してエンコ後の動画の劣化ぶりにやっぱりTSファイルのまま保存しようと思ったり。
いざ地デジ環境に移行してみると、チョットまでは考えもしなかった事に頭を悩ませたりしています。
とりあえずTSファイルを様々な形式に変換する方法やフリーソフトを調べて、現在の自分の環境にしっくりくる変換形式、方法をそれなりに確立しようと思ってます。
まだ手探りしてる部分も多いので覚書き程度ですが、HDUSによる地デジTSファイルは以下の方法で失敗無くに変換できています。
（まだそんなに数はこなしていないけど）
初めに
以下に紹介する方法以外にも、TSファイルを他動画形式に変換する方法は沢山あります。
どのような方法が一番良いかはネット上の情報を読む限り、環境や録画ファイルによりマチマチで、一概にコレと言えるモノが無いようです。
各項目の最後の部分に（カッコ）付きで動画データのサイズが書いてあります。検証に使った2時間16.50GBの録画データが、紹介する方法でどのようにサイズが落ちて行ったかを記録したものです。個人的な覚書きですが、何かの参考になればと思います。
（スタート：2時間番組録画：生TSデータ16.50GB）
1. 地デジTSファイルから余分な情報を削除する方法
TSReaderLiteでTSファイル内のPID情報を調べ、それを元にtsselectでワンセグ放送部分や、文字放送部分を削除、必要な部分のみを抜き出す事が出来ます。
これは以前のエントリ「生TSファイルからワンセグのみ抜き出しとか、ワンセグのみ取り除いたりとか、サイズのスリム化を行う方法」で紹介しています。
（録画した16.50GBのTSデータが13.63GBのTSデータに）
2. TSデータの頭出し、CMカット等、簡単な編集を行う。
MurdocCutterというフリーソフトがTS動画ファイルをGOP単位でのカットを可能にしています。
GOP単位でのカットとは、mpeg動画内に約0.5秒おきに挿入されている「Iフレーム」単位でカット、編集すると云う事。１フレーム単位での編集は出来ませんが、再エンコードせず、画質の劣化は発生しません。
MurdocCutterを使用することでmpeg動画部分はキレイに編集出来ますが、音声部分はそのアオリを食らいます。音声部分(aac)はかなり無理矢理ツギハギな形で吐き出されているようです（その後の編集、変換ソフトを選びます）
その後に使う編集ソフト、変換ソフトによっては、MurdocCutterでCMカットは行わず、録画データ前後の余分な部分のみカットに留めた方が良いかも。
（録画データの前後の余分な部分やCMカットを行い、
13.63GBのTSデータが9.99GBのTSデータに）
3. DGIndexを使って音声分離、動画をAviUtlやAviSynthで読み込める形式へ
これは地デジ録画データをMpeg-TS形式からaviやmp4形式、DivXやh.264などに変換する際に使用する際に行う作業です。Mpeg2形式のまま保存する場合は、必要ありません。
DGIndexを使う事でAviUtl、AviSynthなどでカット編集可能な形式（dv2ファイル）に変換できるので、「2.MurdocCutter」の工程を飛ばしてもOKです。PID情報が分かっていれば「1.地デジTSファイルから余分な情報を削除する」方法も必要ありません。また、DGIndexはTSデータから地デジの音声（aac）を分離してくれます。
▲DGIndexで作成されたファイル一例。
分離した音声ファイル（aac）には音ズレ情報（-94ms）がファイル名に記載されているので、その後の作業で利用する。
また.d2vファイルはTSファイルを読み込むためのプロジェクトファイルであり、この時点でまだTSファイルを削除してはいけない。
（CMカットしたTSデータ9.99GBから 134MBの音声（aac）データ抽出。
803KBのプロジェクトファイル生成）
4-1. VLCプレーヤーを使って音声データを扱い易い形式に。
数多くのフォーマットに対応し、万能な再生ソフトとして有名なVLC Media Playerですが、実は動画や音声データを別形式に変換できたり、ストリーミングサーバーとして使えたり、予想以上に高性能です。
地デジ含めデジタル放送に含まれる音声データは思ったより複雑なようで、パソコンで一般的に使われている再生プレーヤー、編集ソフト、変換ソフトでは扱えない場合が多々あります。扱えても激しい音ズレが発生したり、デジタル放送の音声はなかなか曲者です。
特にMurdocCutterを使うと、MPEGデータの都合にあせてaacデータをぶった切っているので、CMカットを挟んだりすると数十秒の音ズレが平気で発生しますので、アチコチのサイトで推奨されているツールを試してみましょう。
地デジTSデータから音声部分を抜き出すフリーソフトは数多く存在しますが、VLCは抜き出すと同時に別形式に変換してくれるのがポイントかも。
しかしmp3、mpa形式に変換すると、強制的にVBRになるのでaviに利用する場合は一旦無圧縮PCMとして吐き出すのが無難かも。
（CMカットしたTSデータ9.99GB、またはDGIndexで抽出した音声ファイル134MBを
無圧縮音声へ変換→1.01GB）
4-2.VLCプレーヤーを使ってMPEG-TSをMPEG-PSに変換
地デジ録画番組をaviやmp4に変換せず、MPEGのまま保存する場合でも、TSからPSに変換するだけでPC内での扱いは非常に楽になります。VLCPlayerで音声を変換する際、同時に動画部分もPS形式に変換しておくと、MPEG形式で保存する場合は非常に手間が省けます。
（CMカットしたTSデータ9.99GB → PSデータ9.99GB）
5. 各種エンコードツールでTSファイルをaviなどに変換（2008.12.9改変）
ここまでの作業で揃えたd2vファイル、無圧縮音声ファイルを使って、avi・mp4等へ変換する。エンコードに使用するソフトはAviUtl、AviSynth＋VirtualDub、携帯動画変換君、ffmpegなんでも良い。使い慣れているもので。
とりあえず私は
- TSReaderLiteでPID情報取得
- DGIndexでプロジェクトとaac作成
- aacファイルからVCLでwav作成
- wavからLAMEでmp3ファイル作成
- AviSynth＋VirtualDubModでCMカット& d2vファイルをaviに変換
- mmgでaviとmp3をmkvにmux
（Xvidにエンコ時、画面比率16：9にするの忘れたので今回は仕方なく（笑）
と云う手順でXvid-mkvファイルにしています。
Mpeg形式のまま保存する場合は
- TSReaderLiteでPID情報取得
- MurdocCutterで番組先頭部分最後の部分カット
- 同MurdocCutterでCMカット（音ズレの原因になる場合多し）
- VLC でMpegデータをTS形式からPS形式に変換。
- 音がズレていたらVLCで音声部分をwav形式で抜き出し。mp2音声などに変換してMUXしてみる。
- それでも音がズレているならCMカットは諦める
上記の手順で保管用ファイルを作成しています。
音ズレに関しては、未だに上手く行く場合と上手く行かない場合の違いがよく分かりません。
acc音声がVBRなので、上手くいく場合が珍しいのかも。
かなり手を焼く音ズレ問題
avi形式に変換した場合でも謎たっぷりな音ズレ問題。
VirtualDubMod上で編集している時はCMカット部分をまたぐ度に0.02秒程度の音ズレが発生し、番組の最後の部分では0.2～0.3秒程度の音ズレが発生。明らかに音声と口パクが合っていない動画になっているのだが、最終的にmkvにMUXしたものはDGIndexで表示された音ズレ部分以外は全く修正作業をしていないのに音ズレ発生なし。
今までVDM編集中のみ音ズレが発生して、エンコード後のファイルに音ズレが無い事なんて無かったので、数をこなしてみないとこれが偶然なのか当然なのか判断できない所。
最終的なエンコサイズ
地デジTSデータ 1440X1080 16.50GB 2時間3分
↓
Xvid(Q=2)+mp3 720X540 2.31GB CMカット1時間33分
サイズは720X540（Q値2）または960X720（Q値2.5）あたりが2時間番組が2～3GBに納まり、画質もそれなりに良好なので個人的に良い感じ。
（注：これは動きの少ない映画の場合。Q値2～2.5でエンコするとスポーツ中継等はこの倍位のファイルサイズになる筈）
848X640辺りのサイズも捨てがたいけど、他所であんまり聞かないサイズなんで今一歩踏み出せなかったり（＾_＾;
ウチでは当分この方法をメインにエンコを行い、時々別の方法を試してみようと思います